Aber PB1 hat ja intern keine direkte Verbindung von VCC zum Ausgang. Da sind ja noch einige andere Stationen dazwischen. Wer sagt denn, das da nicht noch mehr Schaden entstanden ist?

In die Ecke würd ich nicht gleich alles werfen. Dann kannst es auch mir schenken

Messmal die Stromaufnahme wenn möglichst wenig angeschlossen ist und der AVR handwarm ist. Dann zieh die Ströme ab die die noch angeschlossenen Sachen benötigen und berichte mal. Es dürften ja nur wenige mA sein die der AVR ausnimmt.
Und versuch mal den Stromfluss zu messen der durch die ISP-Leitungen geht. Das sollten ja nach Dongle auch nicht mehr als 20mA sein. (jeweils für MISO MOSI und SCK). Wie hast du denn Reset beschaltet? Ganz normal nit einem Pullup-Widerstand?