Hab ich doch eben geschrieben
Also du startest AVR Studio. Dann klickst du auf Projekt -> New Projekt. Wählst nen Ordner aus und gibst deinem Projekt einen Namen. Dann tickerst du deinen Code da ein und drückst F7. Dann hast du in dem Ordner, wo sich auch dein Projekt befindet, eine *.hex Datei. Die kannst du dann mit PonyProg oder TwinAVR oder was auch immer auf deinen Chip brennen.

Gruß
Thomas

[edit]
Erstell dir am besten auf deiner Festplatte einen Ordner mit dem Namen "Mikrocontroller", den wählste dann im AVR Studio aus. Die beiden Haken bei "Create Initial File" und "Create Folder" lässte drinne.
Da ist doch echt nicht viel einzustellen bei dem Menü