Ja, die AVRs haben intern zuschaltbare Pullups. Besonders wenn man 8 Taster anklemmen will erspart einen das schon einiges an externen Bauteilen wenn man sie aktiviert.
Wenn man die internen Pullups benutzt wird es keine Probleme beim programmieren geben. Sobald ein Reset ausgelöst wird, wird der ISP sowieso so geschaltet wie es zum programmieren nötig ist.
Wie es da mit externen Pullups aussieht ist eine gute Frage. Ggf. wird ja der interne zum programmieren auch eingeschaltet. Dann muss der Programmer beide aus Masse ziehen. Und ich denke (sofern es mit externen klappen würde) es kommt auch auf die Größe der Widerstände an. Wenn als Pullup 10 Ohm verwendet werden (ist übertrieben, aber sol nur ein extremes Beispiel sein) muss der Programmer ganz schön viel auf Masse ziehen. Und das schafft er evtl nicht

Also, wenn möglich die internen Pullups benutzen und es sollte keine Probleme geben. Wie die aktiviert werden hängt davon ab wie man seine Programme schreibt (Assembler oder Hochsprache)