Normalerweise kannst du den Atmega nur über die ISP-Schnittstelle (auf dem RNBFRA als 2x5 Stiftleiste ausgeführt) programmieren. Dazu brauchst du noch einen einfachen Programmieradapter.
Über die serielle Schnittstelle kannst du den Controlelr nur programmieren wenn er bereits mit einem Bootloader beschrieben wurde der dies unterstützt.