Es gibt schon unzählige Experimentierboard für ARVs. Aber ich will dich nicht davon abhalten dein eigenes zu bauen was auf deine Wünsche und Anforderungen angepasst ist!

16MHz sind für den Anfang nicht unbedingt übertrieben. In den meisten Fällen wird es nur so sein, das das Programm doppelt so oft durchläuft (im Vergleich zu 8MHz oder 16 mal so schnell als wenndu mit 1MHz anfängst) um einen Taster abzufragen und dann die Aktion auszuführen. Aber das ist ja nicht weiter schlimm. Die Lebensdauer verkürzt sich ja nicht.

Wie ein Quarz angeschlossen wird hast du ja schon gefunden. Der Oszillator ist einfach nur ein wenig genauer als ein Quarz und nicht ganz so temperaturabhänig. Muss jeder selbst wissen, wie genau man es braucht. Ich glaube die Fehlerquote eines Quarz liegt bei 10 ppm. Bei 10MHz also etwa 1Hz Abweichung.

Der ISP ist ja davon abhänig was für ein Programmiergerät du hast. Wenn du dir ein 6-poliges baust brauchst du den 10-poligen ja nicht.

Den ISP kannst du idr am AVR lassen. Wenn der Programmer aber noch am PC angeschlossen ist kann es zu einem Reset des AVR kommen wenn du den PC ein-/ausschaltest.

Ein 100nF ist aber nicht dazu gedacht um Spannungen stabil zu halten. Der ist ja schon fast wieder entladen wenn du beide Anschlüsse mit deinem Finger kurzschliesst
Zum stabilisieren nimmt man Elkos im µF-Bereich.
Die 100nF sind gedacht und Störungen kurzzuschliessen und sollten möglichst nah an ICs verbaut werden. Außerdem sollte man drauf achten das die Störungen nicht dran 'vorbei' kommen oder sich von hinten einkoppeln können.
Als Beispiel: Du hast zwei ICs auf deiner Platine und brauchst dann auch zwei 100nF C's. Jetzt brauchst du für beide ICs +5V als Versorgung. Die +5V sollten dann also nicht im Layout am IC-Pin des ersten ICs abgenommen werden sondern vorm ersten Kondensator mit 100nF. Ansonsten könnte sich auf der Strecke zwischen IC-Pin des ersten ICs und dem zweiten 100nF wieder eine Störung einkoppeln. Ich hoffe so ist es verständlich beschrieben. Ansonsten kann ich es an einem Bild verdeutlichen.
Auch sollten die Leiterbahnen an den Stellen wo der Kondensator ist (der 100nF) Nicht Zentimeter dick sein. Die Störungen würden einfach am Kondensator vorbei gehen.

MAX232 ist ja im neuen Schema geändert.

Genau wegen der Stromaufnahme der Relais habe ich nachgefragt. Schalte am besten alle über Transistoren. Wenn man viele Relais an sein sollten bist du schnell im Grenzbereich. Ein kleines Relais mal kurz tasten lassen bringt den AVR nicht um. Aber 8 große Relais dauerhaft an sein könnte schon knapp werden.

Ich habe mich nur gefragt, wenn du in der Schaltung sowieso 5V haben musst, warum du extra nochmal 24V dazu geben willst wenn es 5V-Relais an Optokopplern auch tun würden.

Auf einer Platine hast du an fast jeder Stelle irgendwo Masse (wenn man es vernünftig gemacht hat). Es ist also einfacher die Eingänge gegen Masse zu schalten als gegen +5V. Wenn du gegen +5V schaltest brauchst du auch noch einen Pulldown-Widerstand. Einen Pullup den du brauchst wenn du gegen Masse schaltest kannst du im AVR intern aktivieren und hast damit schonmal eine Menge iderstände gespart, die zwar nicht teuer sind aber Platz brauchen.

Die LEDs für MISO und MOSI sind meiner Meinung nach richtig gepolt. Bei SCK bin ich mir nicht ganz sicher. Wenn es Low-Current-LEDs werden, würde die Kommunikation nicht gestört werden. 'Normale' LEDS könnten evtl auch gehen. Aber:
1. Wozu? Mehr als nur wichtig aussehen tun die nicht. Ob das Programmieren erfolgreich war oder nicht wird dir das Programm sagen. Und wenn es fehlgeschlagen ist bringt es dir ja auch nicht viel, das ein paar LEDS ab und zu mal geblinkt haben.
Und 2. und das ist viel wichtiger. Werden die LEDs niemals nie nicht leuchten. Du hast sie kurzgeschlossen

Wie meinst du das, das es mehrere Anschlussmöglichenkeiten für RS232 gibt? Am Stecker oder die Beschaltung des MAX232?

Reset als Eingang ist negiert, das stimmt. Ich würde den Pin aber auch immer nur als Reset verwenden. Zumindest bei den ersten Programmversuchen. Wenn du ihn mit den Fusebits als normalen Pin einstellst und dann als Ausgang verwendest kannst du den Chip nichtmehr programmieren. Und wofür SS ist müsste ich selbst erstmal schauen. Aber der Pin ist dann auch nur in seiner Funktion als SS negiert und nicht wenn er 'ganz normal' verwendet wird.