JTAG is klar
Sollte aber natürlich auch über Jumper - oder besser natürlich per Software umschaltbar sein.
Es gehen ja ein paar Pins verloren...

Ich muss mir da noch ein paar "Umschalter-ICs" anschaun.
Für RS232/RS485 hab ich schon einen.

Was aber noch ganz wichtig is is die verwendete Art von Bauteilen.
Mir persönlich wär SMD am liebsten, da das löten schneller geht und mehr Bauteile drauf passen.
SMD-Löten ist überhaupt nicht schwierig, jedoch denke ich das es Beginner abschreckt.
Jedoch könnte man auch bestückte Platinen anbieten.
Ich wäre also stark für SMD.
Da der ATMega128 auch schon SMD ist würde es glaub ich auch sehr nahe liegen alles in SMD zu machen.

Und noch etwas das möglichst schnell (bevor ich anfange zu routen) entschieden werden sollte:
Wird es ein Board auf dem ein Headerboard aufgesteckt wird oder wird es ein Board mit allem drum und dran?
Der Vorteil vom Headerboard wäre, dass mehr Platz auf der Unterplatine wäre und, dass man nur 1 Headerboard für unendlich viele weitere Unterplatinen mit verschiedenen Funktionen bräuchte