Mir einem Widerstand an I/O-Pins kannst du den Porttreiber davor schützen, daß er gebraten wird wenn die Schaltung dahinter zu niederohmig ist. 300Ohm sollten ok sein.

Beim Experimentieren empfiehlt sich so was auch an Pins, die man als Input geschaltet hat, falls deine Software spinnt oder du falsch initialisierst und der Pin doch zum Ausgang wird.

Wenn deine Schaltung dann fertig ist und die Software funktioniert kann man sich dann einige dieser Bauteile sparen.

Zenerdiode ist nicht nötig, denn die Pins der AVRs sind durch Clamp-Dioden gegen Vcc und GND gesichert. Natürlich hilft das nix, wenn sie mal 220V sehen...

Kondensator vor nem ADC und Widerstand arbeitet wie ein Tiefpass um die Signale zu glätter. Dickerer C --> bessere Glättung, aber das Signal wird langsamer. Ein RC-Glied eben.