Also, zu den I/O kann ich dri vielleicht weiterhelfen:

Bei Input ist insoweit kein Vorwiderstand nötig, wenn du sicher sagen kannst, dass deine Eingangsspannung nie den TTL-Pegel übersteigen wird, so, wenn du z.B.: ein Logikgatter an den Pin anschließt, etc.). Deshalb ist mMn oft in schematischen Zeichnungen, z.b. ein Inverter vor den Clock-Pin des µC gesetzt, damit sichergestellt wird, dass nur Spannungen zwischen 0 und 5V fließen. Aber als Spannungsschutz würde ich dir eher eine Zenerdiode empfehlen, der alle Spannungsspitzen über 5V und alle negativen Spannungen abschneidet. Das müsste den Pin ausreichend schützten.
Bei Output Pins ist es insofern empfohlen, einen Vorwiderstand einzubauen, als dass es zur Strombegrenzung dient. Wenn du, z.B.: ein Output-Pin direkt an einen Verbraucher anschließt, gibt es keinen Schutz, der den Strom begrenzen würde. Ich kann nur für PICs reden, da kann ein Pin an die 50mA liefer und so ein LED direkt antreiben, doch hab ich mir schon definitiv ein I/O-Pin geschossen, indem ich den Vorwiderstand des LEDs vergessen habe. Deshalb weiß ich, dass z.B.: die PICs keine interne Strombegrenzung haben und so sind Vorwiderstände für Transistoren und LEDs unerlässlich. (Der µC funktionierte weiterhin, doch ohne den besagten Pin).

Das gleiche wie für die Input-Pins gilt für die ADCs, wobei beim PIC nur eine Schwankung von +0,3V gegen VCC und -0,3V gegen GND erlaubt sind. Wie gesagt, bei AVRs kenn ich mich genausogut aus, wie ein Fisch bei Billiard.
Ob kleine Kapazitäten gegen GND lebenswichtig sind, kann ich dir aber leider nicht beantworten.

Ach, ja, wie immer lass ich mich gerne korrigieren ^_^
MfG
Mobius