Das hat mit der IDE nichts zu tun. Der Galileo ist nur ein "Software Arduino", genauso wie der Tre oder diese angekündigten Teile von Samsung.
Die Arduino-IDE erzeugt für Galileo (und sicher auch für den Tre) nur ein Linux Kommandozeilenprogramm, dass das Verhalten eines Arduinos simuliert. Direkten Zugriff auf die Hardware, wie bei einem Mikrocontroller, hat man dabei nicht. Die Arduino Befehle, wie digitalWrite() werden zu entsprechenden Betriebssystemaufrufen umgesetzt. Alles was mit IOs zu tun hat, ist auf solchen Rechnern deutlich langsamer, als auf einem Mikrocontroller.
Im Prinzip nur ein in Watte gepacktes Linux. Deshalb reicht es ja auch nicht, um mit dem Galileo zu testen, nur die Arduino IDE zu installieren. Man muss bei Intel ja noch das Image für die passende SD-Karte herunterladen. Betreibt man einen Galileo ohne SD-Karte ist das Programm ja weg, wenn man ihn ausschaltet.