Ja genau, denn nur dann bekommst Du die max. Spannung am Motoranschluss, zum Test reichts auch aus, die betroffenen Motorausgänge auf 1 zu setzen, also zB. die Pins PB0, PC6, und die PWM-Pins PD4 und PD5, dann muss man sich nicht mit dem PWM generieren rumärgern. So sind beide Motorausgänge auf volle Power.

Den Jumper kann man nur Stecken oder weglassen, oder ein Kabel von irgendwo 5V zu diesem Jumper stecken, wenn eine externe Spannung angeschlossen wird, muss man auch noch den Massen (Gnd) miteinander verbinden.