Ja du kannst die ISP-Pins in den meisten Fällen doppelt belegen. Es ist eben wichtig, dass etwaig angeschlossene Peripherie keine Daten sendet, die den Flashvorgang stören oder die Datenleitungen auf einen festen Pegel ziehen. Es gibt viele verschiedene Möglichkeiten, eine Kommunikation zwischen mehreren µCs aufzubauen. Am einfachsten ist eine Datenübertragung über USART. Es gibt alternativ noch I²C oder One-Wire-Techniken. Beim In-System-Programming gibt es 3 Möglichkeiten, was die Stromversorgung betrifft: 1. Der Programmer versorgt die Schaltung mit Strom, 2. Die Schaltung versorgt den Programmer mit Strom oder 3. Der Programmer und die Schaltung haben eine getrennte Stromversorgung. In den Fällen 1. und 2. müssen GND und VCC verbunden werden. In 3. muss nur GND verbunden werden.