- Ich habe gesehen das einige 100nF zwischen + und Gnd haben , muss ich das machen?
-> Ja, das solltest Du auf jeden Fall machen. Die Kondensatoren dienen als Koppelkondensatoren und schützen vor HF-Störungen. Im Layout sollten sie so nah wie möglich an den Spannungsversorgungs-Pins des Controllers liegen.

Und was für ein unterschied besteht zwischen UART0 und (PE0,..) und UART1(PD2,PD3,)?
Eigentlich keiner. UART0 und UART1 sind zwei vollwertige UARTs, die völlig unabhängig voneinander benutzt werden können.

Könnte mir einer auch was zu USART1 Externel Clock I/O sagen ! Brauch ich das unbedingt,den es ist schon durch CAN(TX) belegt!
Nein, brauchst Du nicht. Im Normalfall nutzt Du zum takten der UART ja den internen Clock - es sei denn, Du willst damit ein Master-Slave Sytem aufbauen. Zudem brauchst Du ja scheinbar nur eine UART, da kannst Du ja die UART0 nehmen.

Sind 32,768kHz für den Oszillator OK?
32,768kHz halte ich für ziemlich untertaktet!
Der Controller kann 16MHz, warum sollte man die nicht auch ausnutzen?

Nochwas:
Es wäre schön, wenn Du Schaltpläne demnächst als jpg hochlädst. Nicht jeder hat Eagle....

Gruß,
askazo