Das sollte echt kein Thema sein (vorausgesetzt es werden wirklich nur Pins gesetzt und der Compiler setzt das gut um).

Kann es evtl. sein, daß du in INT0 den INT1-Pin wechselst und umgekehrt? Dann hängen sich die IRQs natürlich auf...

Die "Länge" einer ISR kannst du eigentlich nicht in Codezeilen messen. Was da entscheidend ist, ist die Anzahl der erzeugten Instruktionen. Und da gilt: So kurz wir nötig. Bei deinem Code sollte es aber wie gesagt absolut unkritisch sein.

Und wenn nix falsch ist an deine Code, was willst du dann wissen???