6V sind ja die Hälfte von 12V. Also darfst du das PWM-Signal maximal auf die Hälfte einstellen, d.h. bei einem 10Bit Signal (-> 1024 Schritte) entspricht der Wert 512 dem maximalen Wert, bei dem du 6V an den Motoren anliegen hast. Bei einem 8Bit PWM darfst du maximal 127 einstellen. Den Prescaler würde ich persönlich auf 8 setzen, zumindest bei 16MHz Quarzfrequenz.
Wenn du ein Oszi hast, kannst du dir ja mal die Spannung, die bei den Motorausgängen des L293D rauskommt ansehen.

Gruß
Chris