Hallo!
Laut Code muss das Quadratursignal an den Pins PA0 und PA1 des AVRs anliegen, an diese Pins des AVRs musst Du also die Pins A und B Deines Encoders anschließen. COM vom Encoder geht auf Masse der Schaltung. Wie der Taster des Encoders belegt ist, ist mir auf den ersten Blick nicht ganz klar, vielleicht schaltet er einfach zwischen D und E, das müsstest Du vielleicht wirklich einfach ausprobieren. Wenn dem so ist, müsstest Du D oder E auf Masse legen, der jeweils andere Pin geht dann an PA2.
Gruß
Malte
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Nachtrag:
Hab's erst übersehen, der Taster schaltet wie oben schon vermutet zwischen D und E:
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