Naja ich sag das ja auch nicht umsonst JTAG ist wesentlich hilfreicher zum Programmieren und wiederbeleben als ISP, für JATG muss der Controller nchmal laufen wenn man die Pins also nicht braucht warum auschalten...
Solang die JTAG Schnittstelle nicht sauer angesteuert wird ist es äusserst unwarscheinich das damit blödsinn passiert selbst wenn Flackernde Signale dort anliegen.