Wenn der Juper gesetzt ist, wird am AREF-Pin die externe Referenzspannung vom STK angelegt. Gleichzeitig wird aber durch dein Programm der AREF-Pin intern im AVR mit AVCC verbunden. Und wenn beide Spannungen nicht genau gleich sind, gibts nen Kurzschluss! Die Regelung der Referenz auf dem STK scheint duch die vom AVR aus eingekoppelte Spannung nicht mehr sauber zu regeln, wodurch die Referenzspannung und damit letztendlich auch die Messwerte so stark schwanken.
Also: Jumper öffnen!